python: invalid value encountered in divide以及invalid value encountered in double_scalars报错

news/2024/10/18 12:39:51

运行命令python eqtl_prepare_expression.py data.tpm.gct data.reads_count.gct --tpm_threshold 0.1 --count_threshold 2 --sample_frac_threshold 0.2 --normalization_method tmm --output data.txt时出现了报错“invalid value encountered in divide”以及“invalid value encountered in double_scalars”的报错,问chatgpt,给了我以下的解决方案:

按照上述方案,去除无效值(如NaN或Inf):

cleaned_data <- data %>%mutate(across(col4:coln, ~ as.numeric(.) %>% # 将列转换为 double 类型na_if(Inf) %>%     # 将 Inf 替换为 NAna_if(NaN)))       # 将 NaN 替换为 NA

再次运行命令python eqtl_prepare_expression.py data.tpm.gct data.reads_count.gct --tpm_threshold 0.1 --count_threshold 2 --sample_frac_threshold 0.2 --normalization_method tmm --output data.txt,没啥卵用~~,还是出现相同的报错,说明不是无效值导致的。

再次检查数据,发现是某列均是0导致运行出现的报错。那就去除全是0的列:
tr1=tr %>% select(where(is.numeric)) %>% select_if(~ sum(.) != 0)

再次运行命令,总算正常了~

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