分享一篇近期发表在 Bioinformatics 上的文章：AssemblyQC: A Nextflow pipeline for reproducible reporting of assembly quality，这是一个基因组组装质量评估的综合性流程，集合了准确性、连续性和完整性等多项指标（这是小编一直想做的事情，现有轮子，分享给你）。
该流程基于 nf （nextflow）框架开发，包含了主流的 BUSCO 指标，还有共线性、端粒信息、Hi-C 互作信息等多样化的信息，能够一次性对基因组进行完整的评估，并生成html 报告，可谓相当友好。
使用
准备一个 assemblysheet.csv 文件，其中包含以下列，代表目标组装文件和关联的元数据。
-
tag: 一个唯一的标签，代表整个管道和最终报告中的目标组装
-
fasta: FASTA 文件
运行：
nextflow run plant-food-research-open/assemblyqc \
-profile <docker/singularity/.../institute> \
--input assemblysheet.csv \
--outdir <OUTDIR>将流程下载到 /workspace/$USER 文件夹。更改 pfr/params.json 文件中定义的参数。将流程提交到 SLURM 执行。
sbatch ./pfr_assemblyqc更多内容参考Github：
https://github.com/Plant-Food-Research-Open/assemblyqc
